どうなる！？長崎本線肥前山口―諫早間
肥前七浦駅の駅舎。１９３３年（昭和８年）に建てられた。
長崎新幹線の着工には、「地元の調整がつき次第」、つまり、鹿島市と江北町が長崎本線のＪＲからの経営分離に同意することが必要だった。つまり、両市町が同意しない限り、長崎新幹線は着工できないことになっていた。 そもそも、なぜ長崎本線肥前山口〜諫早間を経営分離しなければならなかったのだろうか。簡単に言うと、新幹線ができることにより並行する在来線の輸送量が減少し、ＪＲによる経営が困難になるから、というものだった。既にこのような理由で経営分離された鉄道は全国に４路線（東北本線⇒青い森鉄道、ＩＧＲいわて銀河鉄道＜以上東北新幹線関連＞、信越本線⇒しなの鉄道＜長野新幹線関連＞、鹿児島本線⇒肥薩おれんじ鉄道＜九州（鹿児島）新幹線関連＞）がある。 だが、どの路線も苦しい経営を強いられており、肥薩おれんじ鉄道は、熊本県の試算では開業９年目までは黒字だったが、初年度で１億３８００万円の赤字を生み出してしまった。そのため、鹿島市と江北町は、「長崎本線を引き継いだ路線は後に廃線になり、地域が衰退してしまう」という理由で経営分離に反対していた。 ところが、２００７年（平成１９年）１２月の佐賀県、長崎県、ＪＲ九州による「三者合意」で、「長崎本線肥前山口―諫早間は、新幹線開業後２０年間をＪＲが全線に渡って引き続き運行する」という決定がなされた。これにより、三者は長崎本線沿線自治体の同意が不要だと解釈し、新幹線計画が進むことになった。 この三者合意では、 @線路や駅舎などの設備は、両県が新幹線開業時に１４億円で一括購入する。また、新幹線開業後の同区間は、ＪＲ九州が列車を運行し（上）、両県がその設備を維持管理する（下）、「上下分離方式」とする。 A気動車による運行。博多―肥前鹿島間で運行する特急５往復もディーゼルとする。 B普通列車の運行本数は現行通りとする。運賃も、ＪＲ区間と同様の扱いにする。 などといったことが決められた。 もし、従来の計画通りに経営分離された場合、車両購入費や運行会社設立などの初期投資で合計１６．４億円が必要だった。だが、この三者合意で線路や駅舎などの一括購入費１４億円のみとなり、両県の負担が２．４億円ほど抑えられたことになる。但し、先述したように維持管理は、両県が継続的に行う。 維持管理に関する負担は、「長崎２：佐賀１」（内訳：長崎約４０億円、佐賀約２０億円）という割合が２００８年（平成２０年）４月に、佐賀・長崎県の協議で決定された。路線長では、佐賀県内の方が長いものの、新幹線の「終着駅効果」や他の公共事業の負担割合を先例に考慮して、長崎県が多く負担することになったのだ（長崎県の金子知事は、佐賀県にとって良い条件になるよう配慮するとの見解を以前から示していた）。三者合意は、廃線への準備段階？
新幹線開業後２０年間、２００８年（平成２０年）を基準とするならば、建設期間１０年を合わせて今後３０年間をＪＲ九州が運行することになった長崎本線。だが、なぜ２０年間という“期間限定”なのか、という疑問を抱いている方もいるはずだ。これには、両県が「線路施設などをＪＲ九州から買い取る金額」と、「列車運行における年間赤字額」に一つの理由があると言えるだろう。 買い取る金額は、先述したように１４億円である。また、見込まれる年間の赤字額は１億７０００万円、２０年間で３４億円と見込まれている。このうち、毎年１億円をＪＲ九州が直接補填し、残りの赤字額７０００万円を両県が出した１４億円でまかなうことになった。１４億円を７０００万円で割ると、「２０」になる。つまり、ＪＲ九州は、線路を売って得た１４億円を年間７０００万円ずつ切り崩しながら、２０年間運行するのである（下図）。